Datenanalyse

Auf Grund unserer besonderen Expertise im Bereich Proteinanalytik & Proteomik, sind wir in der Lage eine Reihe qualitativ hochwertiger analytischer Dienstleistungen anzubieten:

2D-Gelbildanalyse

Erstellung von 2D-Gel-Datenbanken

Erstellung von 2D-Gel-Datenbanken mit Melanie (Swiss Institute for Bioinformatics) bzw. ImageMaster^TM 2D Platinum. Diese Proteom-Datenbanken sind vollständig gematcht, d.h. die Bildung korrespondierender Spotpaare ist für alle möglichen Gelkombinationen durchgeführt worden. Deshalb kann die Zugehörigkeit der Gele zu Klassen (Kontrolle, Behandlung, Krankheit, Geschlecht, Alter, ...) beliebig variiert werden.
Da während des Matchings jedes Gel einmal als "Referenzgel" verwendet wird, sind alle Protein- spots, die wenigstens n-mal (n=3, Standardwert) im Matchset vorhanden sind, als eigene Spot- gruppe in der Proteomdatenbank repräsentiert.
Proteome Consult hat Erfahrung in der Erstellung großer 2D-Gel-Datenbanken. Datenbanken mit mehr als 250 Gelen und >10⁶ Proteinspots können problemlos vollständig gematcht werden. Dabei ist es nicht notwendig intermediäre Mittelwert-Gele zu bilden.

Bildanalyse im Hochdurchsatz

Für Kunden, die besonderen Wert auf kurze Prozessierungszeiten bei hohem Gelaufkommen legen und das derzeit beste verfügbare Spot- quantifizierungsmodell nutzen wollen, bietet Proteome Consult 2D-Gelbildanalyse mit der Ludesi AB 2D-Gel Analyser -Software an. Fragen Sie uns nach unseren besonderen Konditionen für diesen Service!

Sie benötigen ein Angebot?

Der Arbeitsaufwand für die Erstellung von 2D-Gel-Datenbanken hängt stark von Parametern, wie Gel zu Gelreproduzierbarkeit, Art und Qualität der ver- wendeten Proteinfärbung, Spotzahlen, Anzahl und Art der Artefakte, sowie von der Reproduzierbar- keit des Spotpatterns über das gesamte Matchset und natürlich von der Gesamtzahl der zu matchenden 2D-Gele ab.
Um Ihnen ein genaues Angebot machen zu können, benötigen wir eine Auswahl von ca. 50% aller zu matchenden Gele, mindestens jedoch ein repräsen- tatives Gelbild (TIF) jeder Behandlungsklasse.

ImageMaster^TM ist ein Warenzeichen von Amersham Biosciences AB, Uppsala (Sweden)

MS-Datenanalyse und Sequenzierung

Protein Identifizierung und Sequenzierung

Proteome Consult bietet Ihnen die fachgerechte Auswertung von ESI-MS-, Maldi-MS-, MS/MS- und Edman-Daten von der Prozessierung der Rohdaten bis zur Proteinidentifizierung bzw. Sequenzierung.

MALDI-MS-Fingerprints

Proteinidentifizierungen durch Auswertung von MALDI MS-Fingerprints können beginnend mit verschiedenen Stadien des Datenprozessings vorgenommen werden. Aufbereitete Massenlisten können aus unprozessierten Daten (MALDI-TOF-Spektren oder nicht aufbereitete Massenlisten) nach festgelegten Kriterien generiert werden.
Im Rahmen proteinanalytischer Projekte kann die Analyse aus Rohdaten der Geräte der Bruker Reflex/Ultraflex-Serie erfolgen.

Proteinsequenzen

Proteinsequenzen können durch Auswertung von Edman-Chromatogrammen, sowie aus ESI-MS/MS- oder MALDI-PSD-Spektren gewonnen werden. Im Rahmen proteinanalytischer Projekte kann die Sequenzanalyse aus Rohdaten der Geräte der Micromass Q-TOF-Serie und Bruker Reflex/Ultraflex-Serie erfolgen.

Mascot-Suche

Mascot-Suche erfolgt, wenn dies im Rahmen der vertraulichen Durchführung von Projekten gewünscht wird, in Kooperation mit einer durch ein Vertraulich- keitsabkommen gebundenen Partnerfirma.

Software-Entwicklung für die Datenanalyse

Proteome Consult bietet Ihnen die Entwicklung kundenspezifischer Problemlösungen in Visual Basic, Perl oder PHP. Wir freuen uns über Ihre Anfrage!

Erhalt von Daten

Daten können auf CD-ROM, DVD, CompactFlash^® card oder MicroDrive^® entgegengenommen oder vom Kunden auf einer Webseite zum Download bereitgestellt werden. Gematchte 2D-Gel-Datenbanken werden Ihnen auf Ihrem Wunschmedium zugesandt. Bitte geben Sie bei der Bestellung an welches Speichermedium Sie bevorzugen. Wenn kein Speichermedium spezifiziert wurde, erfolgt Datenversand auf CD-ROM. Alle Kundendaten werden streng vertraulich behandelt.

CompactFlash^® is a registered Trademark of SanDisk Corp., Sunnyvale (USA)

MicroDrive^® is a registered Trademark of Hitachi Global Storage Technologies, San José (USA)